解放初期的赣榆县（原山东省竹庭县），由于长期受战争破坏，群众生活非常贫困，卫生条件差，医务力量尤为薄弱，仅有政府的一个卫生所和一些私人诊所，严重缺医少药。1948年底，根据专署提出的在一切不用上级负担的原则下，县可以成立县立医院的指示。县政府决定成立县医院，并着手进行了各种筹备工作。在一无人员、设备，二无上级拨款的困难条件下，以县政府的卫生所为基础，全县干部的医疗公费为经济来源，从农村和医疗合作社中抽调人员，采取征用地主房产用作医院办公场所等办法筹建医院。在县政府及各方面的支持和协助下，通过自力更生、积极筹备，医院于1949年1月正式成立，名称为鲁中南六专区竹庭县县立医院，县卫生科长王如珍兼任首任院长，职工38人。院址位于青口镇的南门里（今格林豪泰大酒店和青口镇卫生院位置），占地面积3800平方米。医院属公立医疗机构，隶属鲁中南六专区竹庭县政府领导，业务管理隶属县卫生科。当时医院规模较小，没有病房，只有一般门诊治疗，平均日门诊量仅十余人次，主要服务对象是全县公费医疗干部。
1950年初，医院的服务对象由全县公费医疗干部改为向全县群众开放，当时平均日门诊量为二十余人次。
1951年，医院名称改为山东省临沂区赣榆县卫生院。
1953年，由于行政区划调整，赣榆县划归江苏省管理，医院名称改为江苏省赣榆县人民政府卫生院，隶属江苏省赣榆县政府领导，业务管理隶属县卫生局。同时批准设立正式病床二十张。此时，医院的组织机构、设备规模也有所发展，科室设置较合理，门诊分为内、外科，设有注射室、化验室。化验室能开展三大常规检查。病房设有护士办公室，建立了简易手术室。
1956年4月，经县政府研究决定并报省政府批准同意，县卫生院与县工人医院合并（县工人医院是1952年由县总工会和青口盐管处两个单位福利拨款作基金成立，位于县卫生院西边，两院相邻，同时青口另有一个卫生所及私人联合诊所，县政府考虑到当时青口仅有人口15000人，在相距不到250米内设二个医院，一个卫生所，还有联合诊所，显然机构重叠，人员与资金分散，不能形成合力，决定合并），其下属的九里、兴庄、柘汪、黄海四个诊所一并划归县医院领导。合并后的医院名称改为赣榆县人民医院，职工61人，有正规病床30张。
1960年5月底，医院办公地址从青口镇的南门里搬迁到青口镇北关（即现在的赣榆区青口镇黄海路39号，原院址于1979年转让给青口镇卫生院）。
1966年至1977年，由于受文化大革命的影响，医院医护人员流失严重，门诊和病房只能开展少量业务，医院发展基本处于停顿状态。
1979年，被省政府评为计划生育先进单位。
1994年，被江苏省卫生厅授予徐州医院教学医院。
1995年1月2日，省卫生厅正式发文，命名我院为国家二级甲等医院，使医院工作迈上新的台阶。
1996年6月22日，市爱婴医院考评委员会评估组来我院检查爱婴医院工作，并顺利通过考评验收，成为国家爱婴医院。
2004年3月，医院新门诊大楼启用。
2011年7月12日，我院位于海城路与金海东路的新城区医院工程奠基仪式正式开始。县四套班子领导、市、县卫生局领导为新城医院培土奠基。
2012年3月，我院成为市第一人民医院医疗集团成员单位。有利于我院科研工作与市一院对接，有利于市一院在医疗、技术、人员培训上进一步对我院进行帮扶。
2013年11月15日，被省文明委评为“2010-2012年度江苏省文明单位”。
2014年7月，赣榆县整体区域规划调整为赣榆区，我院也更名为连云港市赣榆区人民医院。
2015年4月28日6时，随着第一辆转运病人的120救护车驶离老院区，前往位于赣榆区新城区的新院区，标志着我院新城区医院正式启用，原老院区停止使用。新院区位于青口镇海城路88号，占地面积140亩，建筑面积共126508平方米，设置床位1200张。医院设计科学合理，按使用功能医院整体划分为四个功能区。其中：A区为门诊用房，内有急诊内科、急诊外科、输液大厅、120指挥中心等；B区为医技用房楼，内有介入科、放射科、腔镜室、信息机房、彩超、病理、化验等医技科室和手术室；C区为内科病房和行政办公用房；D区为外科楼病房房。
2015年7月底，我院接管由民政局建设的区养老护理院，并由医院负责改造、装修及运营。2016年4月1日，区养老护理院试营业。
2015年，我院被国家卫生和计划生育委员会表彰为“改善服务创新医院”。
2015年12月，我院被评为省“实施患者安全目标合格医院”。
2016年1月，我院顺利通过省卫生和计划生育委委员会三级医院验收，晋升为三级综合医院，正式纳入省三级医院管理。
2016年10月，我院与南京医科大学康达学院签约，正式成为南京医科大学康达学院附属医院。
2017年1月，我院被国家卫生和计划生育委员会医政医改局和健康报表彰为“全国改善医疗服务示范医院”。
2019年9月1日，赣榆区人民医院医共体正式挂牌。
